1260 הכיבוש הממלוכי.

1267 – המוסלמים אוסרים על כניסת יהודים למערה. תפילת יהודים נמשכת ליד המדרגה השביעית. 

– הרמב"ן מבקר בחברון "לחצוב לו קבר". 

– תלמיד הרמב"ן מבקר בחברון ומזהה את קבר ישי במרומי תל חברון.

מאות 13-14 – המוסלמים בונים צריחי מסגדים מעל מבנה מערת המכפלה ואת ה"יוספיה" ("קבר יוסף" על פי המוסלמים) צמוד לחומה הדרומית. הקהילה היהודית בחברון מתכנסת לתוך ה"גטו" – הרובע היהודי.

1489 ר' עובדיה מברטנורא, מפרש המשנה, מתגורר בחברון.