1260 הכיבוש הממלוכי.
1267 - המוסלמים אוסרים על כניסת יהודים למערה. תפילת יהודים נמשכת ליד המדרגה השביעית. 
- הרמב"ן מבקר בחברון "לחצוב לו קבר". 
- תלמיד הרמב"ן מבקר בחברון ומזהה את קבר ישי במרומי תל חברון.
מאות 13-14 – המוסלמים בונים צריחי מסגדים מעל מבנה מערת המכפלה ואת ה"יוספיה" ("קבר יוסף" על פי המוסלמים) צמוד לחומה הדרומית. הקהילה היהודית בחברון מתכנסת לתוך ה"גטו" – הרובע היהודי.
1489 ר' עובדיה מברטנורא, מפרש המשנה, מתגורר בחברון.